Mary vient d’emménager chez sa grand-tante. Dans la forêt voisine, elle découvre une fleur mystérieuse. On l'appelle la "fleur de la sorcière". Grâce à la fleur, Mary possède des pouvoirs magiques qui lui ouvrent les portes d'Endor, une école de magie.
Un météore s'écrase sur la ville de Tokyo, laissant échapper des centaines de créatures extraterrestres. L'armée nippone a bien du mal à contrer ces monstres géants et ne peut finalement que constater son impuissance face à ces forces venues d'ailleurs...