Sur l’île d’Amami, les habitants vivent en harmonie avec la nature, ils pensent qu’un dieu habite chaque arbre, chaque pierre et chaque plante. Un soir d'été, Kaito découvre le corps d’un homme flottant dans la mer, sa jeune amie Kyoko va l’aider à percer ce mystère. Ensemble, ils apprennent à devenir adultes et découvrent les cycles de la vie, de la mort et de l’amour...
Un jour à Osaka, Chisato a disparu sans un mot. Paul part pour Koyasan, une montagne sacrée, dans l’espoir de la retrouver.
Hades est vaincu et Seiya est blessé. Saori prend soin de ce dernier. Artemis vient sur terre et revendique la vie des Chevaliers du zodiaque.