Eté 1945 : le Japon est occupé. Le Soleil retrace les événements intervenus entre deux décisions historiques prises par l'empereur Hiro Hito : la reddition sans condition de son pays face aux Alliés et la renonciation à son ascendance divine. Le cinéaste russe Sokourov fait le portrait de ces heures historiques en esthète et philosophe de la condition humaine.
Le 11 mars 2011, le Japon est frappé par un séisme, suivi d'un tsunami et de la triple catastrophe nucléaire de Fukushima. Nabeshima, journaliste en poste dans le Press Club du cabinet du Premier ministre essaye, dès le début de la catastrophe, de comprendre la chronologie et l’évolution de la catastrophe...
Pour les vacances, Sakuko, jeune étudiante préparant son entrée à l'université, accompagne sa tante Mikie dans son village natal. Alors que cette dernière renoue avec son ancien amant Ukichi, la jeune fille se rapproche du timide Takashi, réfugié de Fukushima. Ensemble, ils s'interrogent sur la vie, l'amour, tandis que gronde la colère contre les événements de Fukushima.