Yuki vit au ciel avec ses grands-parents, qui veillent sur la Terre. L'année de ses 13 ans, elle est envoyée chez les humains pour faire revenir la paix. Elle aura un an pour mener à bien sa mission, au risque d'être transformée en un sombre vent hurlant.
La ville de Yubari a été envahie par Shadow Moon. Makino, un des scientifiques de l'organisation, s'échappe et découvre que sa femme et sa fille ont été enlevée. Kamen Rider Black se rend alors à Yubari pour délivrer la ville du joug de Shadow Moon.