Une carte de Kaito Kid est retrouvée dans les entrepôts du groupe Onoe. En même temps, un cadavre tailladé d'une croix à la poitrine est découvert dans le quartier des entrepôts de Hakodate. Place à une chasse au trésor épique !
Ogami Itto est engagé pour tuer Oyuki, une femme assassin tatouée. Pendant ce temps, son fils Daigoro, âgé de trois ans, se perd. Après avoir passé des jours à chercher son père, il est retrouvé par Genbei, le fils en disgrâce de Yagyu Retsudo, l'ennemi juré d'Ogami Itto.