Des gens ordinaires. Le père, licencié sans préavis, le cache aux siens. Le fils ainé est de plus en plus absent. Le plus jeune prend des leçons de piano en secret. Et la mère, impuissante, ne peut que constater qu’une faille invisible est en train de détruire sa famille.
À Tokyo, pendant les fêtes de Noël, trois amis sans abri trouvent un bébé abandonné et une mystérieuse clé, annonciatrice de folles aventures.
Un couple âgé entreprend un voyage pour rendre visite à ses enfants. D’abord accueillis avec les égards qui leur sont dus, les parents s’avèrent bientôt dérangeants. Seule Noriko, la veuve de leur fils mort à la guerre, trouve du temps à leur consacrer.
Tout en nous promenant dans les salles de Pachinko, les stands d'entraînement de golf, les cimetières où les enfants jouent au base-ball et les squares où des adolescents dansent le rock, Wim Wenders parle du réalisateur japonais Yasujiro Ozu.
Ryu mène une double vie : la nuit elle travaille dans une halle à marées à Tokyo et occasionnellement elle est recrutée comme tueuse à gages. Monsieur Nagara rend responsable du suicide de Midori, sa fille, David, un homme d'origine espagnole, qui tient un commerce de vins à Tokyo. Ishida, un employé de monsieur Nagara qui aimait Midori en silence, engage Ryu pour tuer David...
Amélie passe sa petite enfance au Japon jusqu'à ce que toute la famille rentre en Belgique. A 20 ans, elle décide de retourner à Tokyo, afin de devenir la plus « japonaise » des Belges. Elle donne des cours de français et son seul élève Rinri, est un jeune homme mystérieux dont elle tombe amoureuse. Rinri fait alors découvrir à Amélie un Tokyo qu'elle ne connaissait pas...
Les dorayakis sont des pâtisseries traditionnelles japonaises fourrées d'une pâte de haricots rouges confits que l'on prénomme "an". Tokue, 70 ans, va tenter de convaincre Sentaro, le vendeur de dorayakis, de l’embaucher. La vieille femme a le secret d’une pâte exquise et la petite échoppe devient vite un endroit incontournable...
Dans la banlieue de Tokyo, deux enfants se révoltent contre leur père injuste et flagorneur envers son patron. Ils décident de faire une grève de la faim et de la parole...
A Tokyo, Tsuda mène une vie rangée, aux côtés de sa compagne, Hizaru. Un jour, il croise son vieil ami Kojima, devenu boxeur. Celui-ci l'agresse violemment, sans raison. Dès lors, une relation perverse et violente s'installe entre les trois individus...
Yo, conductrice de taxi à Tokyo, et Teruo, ancien danseur reconverti comme technicien de théâtre, se sont séparés il y a peu. Un jour, ils se recroisent par hasard et se souviennent de leurs rendez-vous, qu'ils organisaient toujours à la même date.
A Tokyo, Ohno voit son compagnon lui poser un lapin pour un spectacle de danse. Elle croise alors Reiko à qui elle propose de l'accompagner. De son côté, Haruna, une photographe fait une exposition de ses oeuvres. Enfin, Jun vit un heureux évènement...