An 2015. Japon. Pour contrer les assauts inexpliqués de monstres gigantesques appelés Anges, le gouvernement fait appel à l’organisation secrète, NERV, et à leurs êtres organiques et cybernétiques contrôlés par des enfants : les Evangelions.
The End of Evangelion est un film divisé en deux parties proposant une version alternative des épisodes 25 et 26 de Neon Genesis Evangelion, épisodes finaux de la série qui ont suscité de nombreuses réactions de mécontentement chez les fans.
An 2015. Japon. Pour contrer les assauts inexpliqués de monstres gigantesques appelés Anges, le gouvernement fait appel à l’organisation secrète, NERV, et à leurs êtres organiques et cybernétiques contrôlés par des enfants : les Evangelions.
Aidé des Chevaliers d'or qu'il a ressuscités, Abel, le frère d'Athéna, est revenu sur Terre pour modifier le visage de celle-ci et construire un autre monde. Sa soeur refusant de l'aider, il la séquestre.