Après la disparition de sa mère dans un incendie, Mahito, un jeune garçon de 11 ans, doit quitter Tokyo pour partir vivre à la campagne dans le village où elle a grandi.
The End of Evangelion est un film divisé en deux parties proposant une version alternative des épisodes 25 et 26 de Neon Genesis Evangelion, épisodes finaux de la série qui ont suscité de nombreuses réactions de mécontentement chez les fans.
Tomoo Taniguchi mène une vie tranquille auprès de sa femme et de leur jeune fils. Un jour, ce dernier se fait enlever. Fou de rage, Tomoo poursuit l’assaillant mais tue son propre fils par accident et se découvre doté d’un étrange pouvoir…