À son arrivée dans la ville de Shimonita, Ichi apprend qu’un chef yakuza local a mis sa tête à prix. Pris au piège, il découvre qu’un ancien amour a été assassiné. Dévoré par la colère, il part affronter les meurtriers : un rōnin mercenaire et son clan.
Les tensions entre deux gangs rivaux éclatent au grand jour. Chaque chef désigne son champion : un ancien samouraï devenu pêcheur, porteur d’un lourd secret, et Zatoïchi, joueur invétéré et masseur, dont le sabre frappe avec la fulgurance de l’éclair.
Hyun-su, jeune chien fou emprisonné, arrive en quartier de haute sécurité, où il rencontre Jae-ho, un baron de la pègre vétéran. Ensemble, ils s'assurent la main-mise sur la prison et deviennent amis. Une fois dehors, leur collaboration fructueuse se poursuit, mais leur relation est progressivement gangrénée par la méfiance...
Zatoïchi tente de se retirer dans son village natal, mais la violence le rattrape lorsqu'il se retrouve mêlé à un conflit entre un clan de yakuzas et des villageois opprimés.