Kid est un gamin des rues qui, après l'horrible massacre de son village natal, a grandi orphelin dans les bas fonds de la ville fictive de Yatana. Il finit par gagner sa vie dans un club qui organise des combats clandestins....
En 1939, Charlie, un chien des rues de La Nouvelle-Orléans, escroc et roublard, s'évade d'un pénitencier où il purgeait une peine pour divers larcins. Il retrouve son associé, Carcasse, avant d'être écrasé par une voiture et de rejoindre le paradis. Il proteste tant et si bien qu'il est renvoyé sur Terre...
Les tensions entre deux gangs rivaux éclatent au grand jour. Chaque chef désigne son champion : un ancien samouraï devenu pêcheur, porteur d’un lourd secret, et Zatoïchi, joueur invétéré et masseur, dont le sabre frappe avec la fulgurance de l’éclair.
Zatoïchi tente de se retirer dans son village natal, mais la violence le rattrape lorsqu'il se retrouve mêlé à un conflit entre un clan de yakuzas et des villageois opprimés.