Rome. Terry Jacobs bénéficie d'une libération anticipée. En échange, il doit infiltrer la mafia pour démanteler un réseau de trafiquants de drogue. Mais dès le premier jour, les cinq autres membres de son unité sont éliminés...
Les cartels mexicains font régner la terreur à la frontière entre le Mexique et les États-Unis. L'agent du gouvernement Matt Graver fait de nouveau appel au mystérieux Alejandro, cette fois pour déclencher une guerre fratricide entre les gangs.
Les Machines préparent leur assaut contre Zion, dernier bastion de l'humanité. À l'intérieur de la forteresse, la résistance s'organise, mobilisant tout le monde. Pendant ce temps, dans le monde virtuel, l'agent Smith s'attaque à l'Oracle...