1945, dans un village morave. Olin, 12 ans, souffre de sa petite taille, des railleries des enfants et d'un père violent. Il se réfugie dans ses rêveries permanentes. Après le repli des troupes allemandes, on attend l'arrivée de l'Armée Rouge. Les villageois décident d'envoyer les enfants cacher les chevaux dans la forêt. C'est le début d'aventures aux frontières de la folie et de la mort.
Suite à une visite difficile auprès de son père mourant, Agnès décide de fuir dans une pension au creux d'une forêt. Dans un univers qui vacille entre la réalité et le rêve, Agnès devra se confronter à son deuil.
Au XIXe siècle, un aventurier français, Orélie-Antoine de Tounens, ancien avoué à Périgueux, établit son royaume dans la région inhospitalière d’Araucanie, en Patagonie, à l’extrême sud du Chili. Il réussit à rassembler les Mapuches autour de lui et s'attire les foudre de l'armée chilienne.
Les apparitions magiques de sa femme défunte et de son fils disparu depuis des années confirment à Oncle Boonmee que sa fin est proche. Dans son domaine apicole, entouré des siens, il se souvient alors de ses vies antérieures...