Lorsque leur fille disparaît dans de mystérieuses circonstances lors de leurs vacances, Paul et Wendy remuent ciel et terre pour la retrouver. La police ne leur étant d'aucune aide, ils décident de mener eux-mêmes l'enquête.
L'armée américaine s'intéresse de près à une étrange île. Pour cartographier le territoire, elle lance des explosifs, ce qui provoque la colère du maître des lieux, Kong, un énorme singe.
Lena, biologiste et ancienne militaire, participe à une mission destinée à comprendre ce qui est arrivé à son mari. Ils découvrent que paysages et créatures ont subi des mutations. Malgré la beauté des lieux, le danger règne et menace leur vie.