Paddington rend visite à sa bien-aimée tante Lucy, qui réside désormais à la Maison des ours retraités au Pérou. La famille Brown et le sympathique ours vont vivre un voyage inattendu et plein de mystères à travers la forêt amazonienne.
Après s’être fait dérober un précieux artefact, cadeau de sa mère, un tueur en série s’extirpe de sa tombe pour entamer une quête vengeresse. Il va traquer un groupe de jeunes qui se racontent son histoire.