Suite à une visite difficile auprès de son père mourant, Agnès décide de fuir dans une pension au creux d'une forêt. Dans un univers qui vacille entre la réalité et le rêve, Agnès devra se confronter à son deuil.
Avril 1994, Rwanda. Aux premiers jours du génocide, les occidentaux fuient le pays. Avant d'être évacuée, une famille belge cache la jeune nourrice de leurs enfants, Jacqueline, dans le faux plafond de leur maison. Malgré la terreur, Jacqueline sort de sa cachette pour rejoindre ses enfants restés seuls. La jeune mère découvre leurs corps sans vie parmi les cadavres.
Le fils Courge vit au cœur de la forêt, élevé par son père, un colosse tyrannique qui y règne en maître et lui interdit d'en sortir. Ignorant tout de la société des hommes, le garçon grandit en sauvage, avec pour seuls compagnons les fantômes placides qui hantent la forêt. Jusqu’au jour où il est obligé de se rendre au village le plus proche. Il y fait la rencontre de la jeune Manon.
Deux garçons, Arturo et Tommaso, s'échappent de prison et se réfugient dans les bois. C’est la guerre, et les tirs de balles fusent, mais Arturo et Tommaso arrivent à les oublier, à jouer et à rêver. Des années après, la forêt où sont morts Arturo et Tommaso semble infestée de loups affamés. La jeune Ariane se promène dans les bois et découvre un trou bizarre...
Les apparitions magiques de sa femme défunte et de son fils disparu depuis des années confirment à Oncle Boonmee que sa fin est proche. Dans son domaine apicole, entouré des siens, il se souvient alors de ses vies antérieures...