Aéroport JFK, New York, le 31 décembre 1999. Jésus débarque avec son assistante, la belle et mystérieuse Magdalena. Tout le monde se pose la même question : le commencement du nouveau millénaire signifie-t-il la fin du monde ? Au cours de la journée, Jésus va parcourir New-York, croiser croyants et impies, à l'heure où il faut décider du sort des âmes humaines.
Obsédé par le film "The Human Centipede" et par le projet du Docteur Heiter, Martin, un gardien de nuit pervers et sadique, kidnappe douze personnes pour créer son propre mille-pattes humain, et le tube digestif le plus long du monde.