Dans un futur dystopique, les enfants sont perçus comme la propriété de l’État. Une autochtone amérindienne se joint à une équipe secrète de miliciens pour infiltrer une académie qui détient, parmi des milliers d'enfants, sa fille...
Alors que l'espèce humaine est au bord de l'extinction, un survivant solitaire et acharné arpente les territoires reculés du Canada, en quête de connaissances et de matériaux qui lui permettraient de refaçonner l'Humanité.
Un couple de touristes anglais arrive sur une île espagnole. Bientôt, ils se rendent compte que les enfants y règnent en maîtres et qu'ils assassinent tous les adultes. Traqués par des meurtriers au regard d'ange, le couple tente de quitter les lieux.
The End of Evangelion est un film divisé en deux parties proposant une version alternative des épisodes 25 et 26 de Neon Genesis Evangelion, épisodes finaux de la série qui ont suscité de nombreuses réactions de mécontentement chez les fans.