Les Decepticons parviennent à ressusciter leur chef et décident de prendre leur revanche sur les humains. Sam se retrouve à nouveau au centre du conflit.
Trois ans ont passé depuis l'attaque de la Légion. Ayana, une jeune écolière, découvre un oeuf caché au fin fond d'une caverne. La petite fille ne sait pas qu'il contient une créature maléfique qui va se nourrir de sa haine...
Peter Pan, à présent adulte, est devenu avocat d'affaires. Il s'est marié et a eu deux enfants, qu'il néglige un peu. À l'occasion de Noël, il se retrouve avec sa famille chez Wendy, devenue grand-mère. La nuit même, le capitaine Crochet enlève ses enfants…