Saga familiale basée sur des images d’archives privées qui s’étalent sur trois générations, "Madame" crée un dialogue entre Caroline, une grand-mère au caractère flamboyant, et son petit-fils cinéaste Stéphane, dialogue durant lequel les tabous de la sexualité et du genre sont remis en question dans un monde patriarcal a priori hostile à la différence.
Deux voyages. Deux légendes. Quatre destins croisés. Au Japon, Nakata prend la route pour remettre sa démission. Il rencontre Ellen, une mystérieuse jeune femme qui cherche à quitter Tokyo. Ben, le frère d’Ellen, remonte la côte Ouest des Etats-Unis vers les falaises de Big Sur. Il rencontre Sarah qui fuit Las Vegas en auto-stop pour refaire sa vie ailleurs.
En 1877, en Suisse. Dans une horlogerie suisse où commencent à poindre les bouleversements sociaux, Josephine, une jeune ouvrière, fabricante du balancier, se retrouve mêlée à un mouvement local d’horlogers anarchistes où elle rencontre Pierre Kropotkine.