En 1945, à New York, les Corleone sont une des cinq familles de la mafia. Dans une succession de meurtre et de règlements de comptes, Don Vito, parrain de cette famille s'apprête à passer le flambeau à son fils, Michael...
Depuis la mort de Don Vito Corleone, son fils Michael règne sur la famille. Amené à négocier avec la mafia juive, il perd alors le soutien d'un de ses lieutenants, Frankie Pentageli. Échappant de justesse à un attentat, Michael cherche à se venger.
Atteignant la soixantaine, Michael Corleone désire à la fois renouer avec les siens et se réhabiliter aux yeux de la société, surtout de l’Église. Il est fatigué et veut prendre ses distances avec les activités mafieuses de sa famille.