Été 1983. Elio Perlman, 17 ans, passe ses vacances dans la villa du XVIIe siècle que possède sa famille en Italie, à jouer de la musique, à lire et à flirter avec son amie Marzia. Un jour, Oliver, un Américain qui prépare son doctorat, vient travailler auprès du père d’Elio. Elio et Oliver vont bientôt découvrir l’éveil du désir, qui changera leur vie à jamais.
Alors que le monde est en proie à une menace terrifiante, un homme vit reclus dans sa propriété avec sa femme et son fils. Quand une famille aux abois cherche refuge dans sa propre maison, le fragile équilibre qu'il a mis en place est soudain bouleversé.