Les Men In Black ont toujours protégé la Terre de la vermine de l’univers. Dans cette nouvelle aventure, ils s’attaquent à la menace la plus importante qu’ils aient rencontrée à ce jour : une taupe au sein de l’organisation Men In Black.
Jimmy Picard, un Indien Blackfoot ayant combattu en France en 1944 est admis à l’hôpital militaire de Topeka, au Kansas, un établissement spécialisé dans les maladies du cerveau. Jimmy souffre de nombreux troubles : vertiges, cécité temporaire... En l’absence de causes physiologiques, on décide de prendre l’avis d’un ethnologue et psychanalyste français, spécialiste des cultures amérindiennes.