Les Men in Black reprennent du service lorsqu'une dangereuse et séduisante extraterrestre débarque sur Terre, prête à tout pour accomplir son sinistre dessein.
Jimmy Picard, un Indien Blackfoot ayant combattu en France en 1944 est admis à l’hôpital militaire de Topeka, au Kansas, un établissement spécialisé dans les maladies du cerveau. Jimmy souffre de nombreux troubles : vertiges, cécité temporaire... En l’absence de causes physiologiques, on décide de prendre l’avis d’un ethnologue et psychanalyste français, spécialiste des cultures amérindiennes.
René et François, deux inspecteurs notoirement corrompus, sévissent dans les rues de Montmartre. Dénoncée par une commerçante, la fine équipe est mise à pied et remplacée par deux autres inspecteurs...