Dans sa demeure bourgeoise, un collectionneur examine une série de tableaux du peintre Frédéric Tonnerre. Une des toiles a été volée et dans l'effort de la recomposer, les spéculations les plus baroques sont avancées. Des énigmes de toute sorte sont ainsi relevées et résolues, dont une qui embrasse toutes les autres : le langage caché de l'artiste.
Au cœur du Japon, Yusuke convie sa compagne Mizuki à un périple à travers les villages et les rizières. A la rencontre de ceux qu'il a croisés sur sa route depuis ce moment où il s'est noyé en mer, depuis ce jour où il est mort.
Avec sa montre, Nathan a le pouvoir de voir les Yo-kai, des esprits invisibles. Mais une nuit, sa montre disparaît. Avec ses amis Whisper et Jibanyan, le garçon finit par comprendre que les Perfides y sont pour quelque chose...