Armin s'ennuie dans sa vie, dans son travail et essuie des déceptions sentimentales en série. Un matin, alors que son monde semble inchangé, il découvre que les êtres humains se sont volatilisés. Bien que grisé par cette nouvelle existence solitaire et proche de la nature, Armin n'était pas préparé à cette liberté totale.
Tomoo Taniguchi mène une vie tranquille auprès de sa femme et de leur jeune fils. Un jour, ce dernier se fait enlever. Fou de rage, Tomoo poursuit l’assaillant mais tue son propre fils par accident et se découvre doté d’un étrange pouvoir…
L'institut, délabré et moribond, est une école de formation pour majordomes auxquels est perpétuellement enseignée la même et unique leçon. Jakob, qui vient de s'inscrire, erre parmi les couloirs labyrinthiques, essayant de percer les mystères de la vie des occupants de cet étrange établissement...