Anna, douze ans, souffre d'asthme. Elle est envoyée pour l'été à la campagne. En explorant les environs, elle découvre une maison abandonnée au milieu d'un marais, et dans cette maison, Marnie, une étrange jeune fille...
Taeko Okajima, jeune employée de bureau à Tokyo, s’ennuie ferme et décide de partir dans la région rurale de Yamagata. Ce séjour mettra Taeko face à un choix crucial : retourner dans la ville, ou se marier et s'installer à la campagne.