1876. Le capitaine Nathan Algren est ressorti traumatisé de la guerre de Sécession. Envoyé en mission au Japon par son pire ennemi, il est chargé de mater la rébellion du samouraï Katsumoto et de ses hommes, qui refusent l'ordre "moderne" que veut instaurer le jeune empereur. Mais bien vite, le capitaine se retrouve pris entre deux feux, au cœur d'une confrontation entre deux époques et deux mondes avec, pour le guider, son sens de l'honneur.
Ghost Dog vit au milieu d'une volée de pigeons, sur le toit d'un immeuble abandonné. Bercé par un ancien texte samouraï, Ghost Dog est un tueur professionnel qui vénère un livre : "Hagakure".