Les Machines préparent leur assaut contre Zion, dernier bastion de l'humanité. À l'intérieur de la forteresse, la résistance s'organise, mobilisant tout le monde. Pendant ce temps, dans le monde virtuel, l'agent Smith s'attaque à l'Oracle...
June et Jennifer Gibbons, deux sœurs jumelles totalement fusionnelles, ont peu à peu résolu de se murer dans le silence vis-à-vis de leur famille et du monde extérieur.
Dans les années 1950, un homme et une femme qui ont tout pour être heureux réalisent qu'ils se dirigent vers une rupture. Ils tentent de sauver leur famille.