Les Machines préparent leur assaut contre Zion, dernier bastion de l'humanité. À l'intérieur de la forteresse, la résistance s'organise, mobilisant tout le monde. Pendant ce temps, dans le monde virtuel, l'agent Smith s'attaque à l'Oracle...
Dans les années 1950, un homme et une femme qui ont tout pour être heureux réalisent qu'ils se dirigent vers une rupture. Ils tentent de sauver leur famille.