Voilà trois ans qu'Austin Powers est parvenu à mettre un terme aux sombres agissements du docteur Denfer. Mais celui-ci réussit à s'échapper de sa prison de haute sécurité. Son objectif : remonter dans le temps et enlever le père d'Austin.
L'agent secret Austin Powers excelle dans l'art de séduire et de combler les femmes. Son secret : le "Mojo", une essence aux vertus aphrodisiaques avérées. Le docteur Denfer, son ennemi juré, parvient à dérober cette potion magique et à prendre la fuite à bord de sa machine à remonter le temps...
Ils étaient les deux meilleurs agents secrets de la planète jusqu'à ce qu'ils se rencontrent, tombent amoureux et fondent une famille. Mais dix ans plus tard, le danger revient frapper à leur porte. Les seuls qui peuvent leur venir en aide ? Leurs propres enfants ! De l'aventure, de la bd, du délire, du n'importe quoi pour s'amuser : pari tenu pour Robert Rodriguez ("Planète terreur", "Sin City")
En 1967, Austin Powers, le meilleur des agents secrets britanniques, se fait congeler après que son ennemi juré, le Docteur Denfer, s'est enfui dans l'espace. En 1997 (trente ans après), les deux ennemis sont décongelés et un nouvel affrontement se prépare.