En 1942, dans les îles du Pacifique, un navigateur solitaire se laisse convaincre d'espionner pour le compte de la marine australienne. Il est amené malgré lui à secourir une institutrice et ses élèves pendant la guerre du Pacifique.
Retiré du terrain, Ethan Hunt reprend du service après l’enlèvement d’une ancienne élève. Sa traque d’un trafiquant d’armes l’amène à découvrir un complot d’envergure.