Natalie Cook, Dylan Sanders et Alex Munday, un trio de charme et de choc, travaillent pour un milliardaire dont elles ne connaissent que le prénom, Charlie. Celui-ci les charge de retrouver Eric Knox, le créateur d'un logiciel révolutionnaire.
C.I.Ape est le tout premier chimpanzé à rejoindre la C.I.A. Lorsqu'un complot criminel est découvert, la C.I.A. se tourne vers lui, son agent le plus unique, pour déjouer le complot de l'intérieur.