Dominique, un père impressionnant et possessif, dirige avec sa sœur un grand magasin animalier : le Paradis des bêtes. Violent, alors qu'il a dépassé un point de non retour dans sa relation avec sa femme, Cathy, il s'enfuit avec leurs enfants Clarisse et Ferdinand.
À Tokyo, le jeune Ren fugue dans les rues de Shibuya. Son chemin croise celui de Kumatetsu, une bête issue du royaume des monstres, et qui prétend au titre de grand seigneur de son monde. Ce dernier choisit le jeune garçon comme apprenti.
Le grand-père, trônant dans sa grotte bleue, explique : "L'histoire de Kirikou et la sorcière était trop courte. On n'a pas eu le temps de rapporter tout ce que l'enfant avait accompli. Alors, je vous les raconte." Et il nous dit comment l'inventif Kirikou est devenu jardinier, détective, potier, marchand, voyageur et médecin, en étant toujours le plus petit et le plus vaillant des héros...