Au Brésil, un géologue parcourt des régions inhabitées, et se dessine l'histoire d'un amour absent... Les deux cinéastes filment avec fascination le Sertão, région mythique du Cinéma Novo brésilien, revenant aux sources du Super 8 et de la caméra au poing chère à Glauber Rocha. Un road movie qui devient un voyage quasi onirique en même qu'une histoire d'amour.
Les Rois Mages sont en route à la recherche du Sauveur. Ils traversent, un peu au hasard, des déserts de glace, puis de sable. Ils vivent au gré des saisons, en harmonie avec la nature, se nourrissant simplement et dormant à la belle étoile.
Un avant-poste reculé au fin fond de la Patagonie, en 1882, durant la prétendue « Conquête du désert », une campagne génocidaire contre la population indigène de la région. Les actes de sauvagerie se multiplient de tous côtés. Le Capitaine Gunnar Dinesen arrive du Danemark avec sa fille de quinze ans afin d’occuper un poste d’ingénieur dans l’armée argentine.
Dans une zone désertique du sud de la Californie, un groupe de condamnés ayant "porté atteinte à la sécurité intérieure" des Etats-Unis en s'opposant à la guerre du Vietnam, est amené, contre la promesse de leur libération, à traverser le désert à pied, sans eau ni nourriture, pour atteindre le drapeau américain sans être capturés par les forces spéciales lancées à leur poursuite.
Hors-la-loi, El Topo défie pour l'amour d'une femme les Quatre Maîtres du Désert. Les ayant vaincus, sa conscience s'élève jusqu'à ce que sa femme le trahisse. Sa nouvelle vie d'homme saint commence alors, et El Topo s'engage dans la libération d'une communauté de parias. Un "western" psychédélique par l'auteur de "L'Incal". Le "film-culte" absolu.