Mikey a maintenant 3 ans. James, son baby-sitter bien-aimé, provisoirement chauffeur de taxi, a épousé Mollie, sa mère, femme d'affaires de grand talent. Mollie annonce un beau jour à son époux qu'elle attend un bébé...
Le richissime John Hammond demande au docteur Ian Malcolm de se rendre sur le "Site B", une île où les animaux préhistoriques de Jurassic Park se sont multipliés. Une autre équipe, menée par le neveu de Hammond, tente d'y capturer un spécimen de T-Rex. Les dinosaures finissent par se rebeller...