Le film réuni trois contes situés en trois lieux et époques différents "Pharaon !", "Le Beau Sauvage" et "La Princesse des roses et le Prince des beignets" qui emportent dans des rêves contrastés peuplés de princesses, de justiciers et de tyrans.
Le grand-père, trônant dans sa grotte bleue, explique : "L'histoire de Kirikou et la sorcière était trop courte. On n'a pas eu le temps de rapporter tout ce que l'enfant avait accompli. Alors, je vous les raconte." Et il nous dit comment l'inventif Kirikou est devenu jardinier, détective, potier, marchand, voyageur et médecin, en étant toujours le plus petit et le plus vaillant des héros...