Été 1979, une petite ville de l’Ohio. Alors qu'ils tournent un film en super 8, un groupe d’adolescents est témoin d'une spectaculaire catastrophe ferroviaire. Ils ne tardent pas à comprendre qu'il ne s'agit pas d'un accident...
Au XXIIIe siècle, les habitants de la planète du Mal, s'emparent de pierres précieuses symbolisant les 4 éléments, et foncent vers la Terre. Le 5e élément, dissimulé dans Leeloo, une mutante qui atterrit dans le taxi volant de Korben Dallas.
Dans les forêts du nord-ouest des États-Unis, vivant isolé de la société, un père a consacré sa vie à faire de ses six jeunes enfants d’extraordinaires adultes. Mais le destin les frappe, ils doivent alors abandonner ce paradis qu’il avait créé pour eux.
A Madagascar, durant les années 1970, les choses évoluent très vite avec la fin du colonialisme. Seules quelques familles vivent encore à Ivato, une des dernières bases militaires françaises à l'étranger. Parmi elles, Thomas, 10 ans, découvre le monde...