Après la bataille de Washington, Alice est la seule survivante. Alors qu'elle a perdu ses pouvoirs, elle veut aider ce qu'il reste de l'humanité, menacée par les hordes de zombies. Elle décide de retourner à Raccoon City, là où tout a commencé...
Guy passe sa jeunesse en compagnie de sa sœur sur l'ile mystérieuse dont il héritera un jour. Ils partagent cet endroit avec une horde d'orphelins vivant en communauté dans un phare. Leurs occupations sont rigoureusement surveillés par la mère tyrannique de Guy, depuis le sommet du phare, pendant que son inventeur de père travaille jour et nuit dans le plus grand secret, au sous-sol...