Pendant 15 ans , 4 tortues transformées en mutants grandissent dans les égouts de New York. Elles sortent uniquement pour se ravitailler, mais rêvent d'une vie normale. Lors d'une sortie, leur vie connaît un virage inattendu...
Dans ce nouveau volet de la saga, le docteur Kelson noue une relation aussi troublante qu’inattendue. De l’autre côté, la rencontre entre Spike et Jimmy Crystal tourne au cauchemar.
Guy passe sa jeunesse en compagnie de sa sœur sur l'ile mystérieuse dont il héritera un jour. Ils partagent cet endroit avec une horde d'orphelins vivant en communauté dans un phare. Leurs occupations sont rigoureusement surveillés par la mère tyrannique de Guy, depuis le sommet du phare, pendant que son inventeur de père travaille jour et nuit dans le plus grand secret, au sous-sol...