Argentine 1979. Juan, 12 ans, et sa famille reviennent à Buenos Aires sous une fausse identité après des années d’exil. Les parents de Juan et son oncle Beto sont membres de l’organisation Montoneros, en lutte contre la junte militaire au pouvoir qui les traque sans relâche. Pour tout le monde Juan se prénomme Ernesto. Il ne doit pas l’oublier, le moindre écart peut être fatal à toute sa famille.
Le grand-père, trônant dans sa grotte bleue, explique : "L'histoire de Kirikou et la sorcière était trop courte. On n'a pas eu le temps de rapporter tout ce que l'enfant avait accompli. Alors, je vous les raconte." Et il nous dit comment l'inventif Kirikou est devenu jardinier, détective, potier, marchand, voyageur et médecin, en étant toujours le plus petit et le plus vaillant des héros...