Hushpuppy, 6 ans, vit dans le bayou avec son père. Brusquement, la nature s'emballe, la température monte, les glaciers fondent, libérant une armée d'aurochs. La montée des eaux, l'irruption des aurochs et la santé de son père qui décline, décident Hushpuppy à partir à la recherche de sa mère disparue.
Magicien à ses heures perdues, un zoologiste réunit une équipe pour tenter de contrer les plans machiavéliques d'un sombre mage assoiffé de pouvoir.